Lambang Yayasan bersumber dari simbol-simbol tradisional Sisingamangaraja, yaitu
1. Warna Putih
Warna putih, dalam ungkapan Batak disebut “na puti so haliapan, na puti so hapupuran” artinya warna putih bersih tidak bernoda,menegaskan bahwa kepemimpinan harus dilandasi kesucian niat, integritas, tanggung jawab, dan amanah Tuhan Yang Maha Esa dalam menjalankan tanggung jawab terhadap negeri dan masyarakat.
2. Warna Merah
Warna merah, dimaknai melalui ungkapan “parsinabul habonaran” artinya menjungjung tinggi dan menyuarakan kebenaran, melambangkan keberanian untuk menjunjung tinggi dan menyuarakan kebenaran serta tanggung jawab untuk menjaga dan melindungi tanah, air, serta kemanusiaan yang adil dan beradab.
3. Bulan Purnama (Bulan na Gok)
Bulan purnama (bulan na gok) melambangkan cahaya yang menerangi kegelapan malam dengan lembut dan menuntun. Karena itu, Bulan na Gok menjadi simbol kebijaksanaan, keteduhan, ketenangan, dan keteladanan luhur bagi sesama.
4. Matahari (Mataniari so Dompahon)
Matahari yang memancarkan cahaya ke delapan penjuru mata angin (Desa Naualu) melambangkan penerangan, keluasan pengabdian, dan semangat menyebarkan nilai-nilai luhur serta pengetahuan bagi masyarakat yang beragam dalam satu kesatuan.
5. Piso Gaja Dompak
Piso Gaja Dompak, sebagai salah satu regalia Sisingamangaraja, melambangkan kewibawaan dan kekuatan moral dalam menjunjung persatuan, keberanian, keadilan, musyawarah, serta kepemimpinan yang mengabdi kepada masyarakat.